الأهداف الإستراتيجية والتي تسعى المستشفى لتحقيقها في المستقبل :

تطوير القدرة المؤسسية لمستشفى الأطفال كأحد المراكز الطبية والعلمية المتميزة علي المستوي المحلي.
تطوير معاييرالتفاعلية التعليمية بمستشفى الأطفال كأحد المراكز التعلمية المتميزة علي المستوي المحلي.
رفع كفاءة جميع العاملين ورفع كفاءة مستوى البحث العلمي فى مستشفى الأطفال الجامعى كأحد المراكز العلمية المتميزة علي المستوي المحلي.